Das Gesamtbudget des IHS betrug 2023 etwa 11.7 Mio. Euro, dabei ergibt sich die Finanzierung hauptsächlich aus Basisförderung, Rahmenverträgen und projektbezogener Förderung:

Die Basisförderung betrug in Summe 51 % des Budgets 2023 und wird derzeit vom Bundesministerium für Finanzen (BMF), der Oesterreichischen Nationalbank (OeNB), der Wirtschaftskammer Österreich sowie der Universität Wien bereitgestellt. Drittmittel, vor allem projektbezogene Förderung und Forschungsprojekte machten 2022 rund 48 % des Gesamtbudgets aus. Diese „Drittmittel“ lassen sich grob in Auftragsforschung und Forschungsförderung unterteilen. Zusätzlich gab es in den vergangenen Jahren Rahmenverträge mit diversen Ministerien und Interessensvertretungen.

Die Gesamtfinanzierungsstruktur des IHS war in den letzten Jahren stabil und betrug im Schnitt in den Jahren 2017–2023 zwischen 10 und 12 Mio. € pro Jahr.